1.    انجام کلیه اقدامات لازم برای حفاظت از منابع آبزی آبهای تحت حاکمیت موضوع ماده دو قانون ( دریای عمان ، خلیج فارس ، دریای مازندران ، مردابها ، رودگاهها ، خلیج ها ، مصبها ، رودخانه هاو سواحل مربوطه ).
2.    پیشگیری از بروز و کشف جرائم و دستگیری متهمین و متخلفین از قانون
3.    جلوگیری از انتقال آبزیان به منظور عرضه ، تکثیر و پرورش بدون داشتن گواهی بهداشتی
4.    جلوگیری از فعالیت شناورهای صیادی جهت صید ، حمل ، تحویل گیری ، فرآوری و عرضه آبزیان بدون پروانه و مجوز.
5.    کنترل و جلوگیری از عرضه آبزیان صید شده خارج از استانداردهای تعیین شده توسط سازمان در مراکز عرضه .
6.    ثبت ورود و خروج وبازرسی شناورهای صیادی .
7.    تعقیب مرتکبین جرائم مشهود در حوزه ماموریت یگان برابر ماده 5.
تبصره  : در صورت خروج شناورمتخلف از محدوده استحفاظی بمنظور تعقیب در خارج از حوزه استحفاظی نیازمند هماهنگی با دستگاههای ذیربط می باشد
8.    تشکیل پرونده قضایی و اعزام متخلفین صید و صیادی به محاکم قضایی
9.    حفاظت از زیستگاهها، صیدگاهها، مسیر مهاجرت آبزیان ، مراکز استقرار یگان ، بنادر شیلاتی و سایر اماکن  وتاسیسات طبقه بندی شده سازمان .
10.    همکاری در انجام عملیات تجسس و نجات دریایی و امداد رسانی به شناورها و نفرات آسیب دیده در دریا
11.    جلوگیری از حمل و استفاده از ابزار و ادوات صیادی غیرمجاز و توقیف آن
12.    توقیف و جلوگیری از حمل و استفاده مواد منفجره ، سمی و یا برخی مواد که باعث ضعف ، بیماری و یا مرگ آبزیان شوند
13.    جلوگیری از تولید و فروش آلات و ادوات صید و صیادی بدون مجوز قانونی از جمله کارگاههای قایق سازی بدون مجوز.

14.    جلو گیری از صید آبزیان در مناطق ممنوعه ، فصول ممنوعیت صید وگونه های ممنوعه
15.    جلوگیری از فعالیت شناورهای صیادی صنعتی در مناطق صید ساحلی .
16.    جلو گیری از حمل و نگهداری محصولات صید شده غیر مجاز در شناور و توقیف آن .
17.    برخورد با مرتکبین اقدامات مغایر با ضوابط و مقررات بندری سازمان .
18.    برخورد با مرتکبین اقدامات مغایر با موارد ذکر شده در پروانه صید .
19.    کنترل و بازرسی شناورهای صیادی خارجی به منظور اطمینان از عبور بی ضرر آنها.
20.    اجرای گشت های آبی و ساحلی بمنظور انجام وظایف یگان
21.    اقدام به عملیات در ساحل و مراکز عرضه آبزیان (بازار) و ایجاد ایستگاههای ایست و بازرسی به منظور جمع آوری و کنترل منابع آبزی، صید غیر مجاز و قاچاق خاویار.

تبصره : انجام وظایف در خارج از قلمرو آبی ( مربوط به بندهای 5 و 13 و21) برابر دستورالعمل هماهنگی فی مابین یگان سازمان شیلات و ناجا خواهد بود که توسط ناجا تهیه خواهد شد.